2018年4月22日，在“昆虫基因组与绿色防控”会议上，中国农业科学院深圳农业基因组研究所联合中国科学院、浙江大学、中国农业大学、西南大学等单位，共同推出“TOP1000昆虫基因组计划”，该计划旨在破解1000种重要昆虫的基因组数据，完成基因组图谱绘制，获得高质量的参考基因组，促进昆虫学研究的全国大协作和重大突破。

随着生物技术的发展，当代昆虫学研究越来越多地依赖于基因组和转录组信息，基因组信息的破译使人类更好地理解昆虫生物学特性，然而目前仅有50种昆虫基因组被报道，阻碍了昆虫学研究的深入。基因组所发起的“TOP1000昆虫基因组计划”得到了与会专家的积极响应和支持，基因组所拥有目前国内最大的农业基因组计算平台，计算峰值达50万亿次，储存容量达到2.5 PB，数据传输速度高达100 M/s。基因组所将由农业昆虫基因组学和农业宏基因组学创新团队牵头，利用自身基因组测序及大数据分析方面的成熟平台，结合各参加单位在功能基因和生态防控等方面的实力，推动“TOP1000昆虫基因组计划”的执行，为乡村振兴战略提供重要技术支撑。

基因组所于2017年在深圳市牵头成立了国家农业基因组科技创新联盟（以下简称“联盟”），旨在通过发挥基因组学在农业科学中的引领作用，推动我国农业高水平快速发展。在国家农业基因组科技创新联盟的平台上，基因组所与全国农业科研院所合作完成了番茄、黄瓜、水稻、棉花、甜瓜、西瓜、桃、梅花鹿、烟草、绦虫等基因组以及鸡和猪的肠道宏基因组研究，研究结果在Nature、 Science、Cell、Nature Genetics等国际知名期刊上发表。继“1000种入侵生物全基因组计划（IAS1000）”和“水稻10K种质重测序项目”之后，基因组所再次率先发起千种昆虫基因组测序计划，正是对联盟宗旨的进一步贯彻和落实，充分发挥联盟的引领带头作用，凝聚我国从事昆虫基因组学研究的优势力量，着力解决农业基因组学发展中的技术难题。该计划的实施必将推动组学技术在农业生产中的应用，提升我国农业科技的国际竞争力。